Rantarou, Kirimaru ve Shinbei adlı acemi ninjalarımız  bu sefer boylarından büyük işlere kalkışıyor gibi.  Bakalım paragöz Kirimaru’nun önderliğinde katıldıkları turnuvayı, ninenin intikamını ve daha birçok macerayı başlarına iş açmadan atlatabilecekler mi?  Tabii tüm bunlarla boğuşurken, dersleri de ihmal etmemeleri lazım.

Rantarou, Kirimaru ve Shinbei, Ninjutsu Akademisi’ne  katılmayı hak kazanmış acemi ninjalardır. Bu acemi ninjalar bir yandan okula adapte olmaya, diğer yandan karşılaştıkları zorluklardan paçayı kurtarmaya çalışırlar. Doi ve Yamada Hoca, okul müdürü, Kuno Birler’deki yaramaz kız ninjalar ve hatta haydutlar gibi ilginç karakterlerle dolu çılgın üçlünün eğlenceli eğitim hayatına hoş geldiniz!